《漫威：超级争霸战》最基础的剧情玩法共有六幕，分别为格斗场、升级、结束游戏、反抗、元老战争、重生。这里给玩家带来的就是游戏中第二幕——升级，新手通关攻略。
如果玩家想参与剧情玩法首先就要了解游戏中的体力设定。体力在本作之中被称之为能量，玩家可以在游戏中获取3种能量，分别为副本能量、联盟副本能量、联盟战争能量。如果想参与到副本中去对应的副本，就需要对应的能量，能量在消耗后5分钟回复一次。既然是普通玩法那消耗的就是最基础的副本能量。而在游戏中只有副本能量上限会随玩家等级提升而增加，每次升级后能量会直接拉满，所以玩家在升级前最好先将自己能量清空以防溢出。
在参与任务地图的各个地块之间移动要消耗体力。因为是基础玩法在第二幕中玩家每移动一次都会消耗1点体力，每一幕的地图中都会有奖励系统，当玩家首次通关第二幕剧情后都会获得奖励。一般的奖励包括英雄水晶、金币、高级英雄水晶、基础能量晶石、生命药剂等物品。 除此之外当玩家探索完每一小章节时还会获得唤醒宝珠、聚变因子、复活药剂等特殊奖励。可以说在剧情玩法中《漫威：超级争霸战》给予玩家总体奖励还是十分丰厚的。
第二幕共有4章，分别为：服从于格斗赛、灭霸崛起、竞赛重生、已接受挑战。这款游戏剧情独立于漫威宇宙之外，玩家可能会遇到很熟悉的剧情也可能会对其中发生的一切感到陌生。在第一章服从于格斗赛中玩家所遇到的英雄基本上为格斗系，所以此时玩家仅需要组成一队克制格斗系英雄的队伍即可轻松获胜。而第二幕关卡中总体英雄的战力也不算高，最低仅有400战力，除最终boss之外最高敌对战力也只有1000左右。一支由三星英雄组成的队伍可以轻松通关第二幕。
在第二幕之中玩家可以通过在第二章灭霸崛起玩法中找到类似于复仇组合联盟的剧情。玩家共经历6个阶段：抗性、蔑视、提议、警告、妨碍最后进行联盟。在剧情中玩家和其余超级英雄一起做竞赛，通过各种方式提升自己最后击败灭霸。但灭霸并不是第二幕的最终boss，如果玩家想与灭霸战斗那是将第四关终极关卡的事情了。
第二幕最终boss为2345战力的宇宙系超级英雄，对于普通玩家来说2000左右战力应该是一个槛，但只要你在本关卡中凑齐足够的神秘系英雄就能轻松应对，因为在最后一关“被征服”之中基本上全是清一色宇宙系英雄，英雄克制关系玩家们还是要牢牢领悟才是。
玩家首次通关第二幕大约会有上万的能量晶石通关奖励，并且还会直接奖励一万黄金作为英雄提升的道具。作为新手玩家可能很快就会通关的第二幕，它的难度比起后面几幕肯定简单的多，前期各位新玩家尽量把在剧情玩法中获得的道具多分散投资，这样能够将竞技场收益最大化，毕竟通关章节不是一朝一夕就能通关的，但竞技场英雄收益却是本质上的提升。
