《PokeMMO》中,新手玩家的主要任务是完成全地区的剧情通关,五通才是开始。
关都地区
本作的关都地区以《宝可梦火红·叶绿》为蓝本,有完整的一周目、二周目剧情,但是三圣鸟没有捕捉途径。无论是山林还是河流,无论是森林还是大海,宝可梦们生活在关都地区的各个角落,而人类则与宝可梦们一起生活,或是对它们精心宠爱,或是让它们互相对战。
关都地区是宝可梦世界中第一块被创造的大陆,以日本关东为原形,其城市的名字来自于颜色的名字。关都地区是宝可梦世界中一个独立的地区,包括多种宝可梦栖息地、人类聚落和地点间的道路。部分区域只有在玩家获得特定物品或玩家的宝可梦的特定招式后才能到达。 关都地区的城镇主要由7个城市,2个小镇构成,宝可梦联盟位于石英高原。大木博士是这里的宝可梦博士,他会送给新人训练家妙蛙种子、小火龙或杰尼龟作为他们的最初拿到的宝可梦。 剧情将要结束时,主角能够前往七岛进行冒险。七岛由七个小岛组成,栖息的基本上是城都地区独有的宝可梦,岛上主要是通关后的剧情任务。
丰缘地区
本作的丰缘地区以《宝可梦绿宝石》为蓝本,大体上没有什么变化,但是134号水路的布告石室无法进入,也没有额外可抓捕的传说的宝可梦。
丰缘地区包含了九座城市、六座城镇和多个景点,彼此之间以道路互相连接。在丰缘地区,未白镇的小田卷博士向新人训练家提供木守宫、火稚鸡、水跃鱼三只宝可梦。
合众地区
本作的合众地区以《宝可梦黑·白》为蓝本,挑战宝可梦联盟前没有变化,打完联盟后,捷克罗姆将无法使用。二周目道路截止到小波镇、丰饶之社,未开放白色森林、黑色城市以及其他区域。
合众地区是一个远离先前各地区(关都地区、城都地区、丰缘地区和神奥地区)的大陆。合众地区拥有大面积的城市区域、港口、机场、娱乐公园、数座大桥和几个山区。除了景观的多样性外,合众地区的居民们同样在肤色和职业方面差异很大。
神奥地区
本作的神奥地区以《宝可梦白金》为蓝本,剧情上没有太大变动,但是有些地点暂时禁入,联动公园未开放,对战开拓区未开放,开放了阿尔宙斯的捕获及其夺旗战。
神奥地区与宝可梦世界中其余的任何地区都不接壤,特征是地区中央冰雪覆盖的高山(天冠山,同名山脉的一部分,后者将神奥一分为二)。与其它地区不同,作为一个拥有积雪道路的地区,神奥地区带给玩家“北方”的感觉。神奥地区的水体也很有特点:它有着三大湖(睿智湖、立志湖和心齐湖,三者构成一个三角)。不像大面积出现水道的丰缘地区,神奥地区只有30%的地貌包含水路。
成都地区
以《宝可梦心金·魂银》的故事为基础蓝本,以成都地区为舞台设计的地区板块。
剧情方面由于二周目地图板块与关都地区冲突,故进行了部分切割只保留了一周目主线与二周目白银山部分。
白银山是二周目的可选地区,打败所有地区的四天王并完成全国图鉴后才可以前往。
新加入了柑果球系统,丰富了球种选择。
首次开放了二级神兽捕捉,与以往不同,此次开放的神兽(水君,雷公,炎帝)在捕获后可由玩家长期持有。
开放了凤王的多周目副本。
开放了洛奇亚的捕捉,但与以往的神兽一样,捕获后开启夺旗战,并不能长期持有。
开放了最强训练家“赤红”的多周目副本。