《PokeMMO》中有成熟的交易系统，包括系统交易行和自由交易频道，严禁以现实货币的方式直接购买商品。可售卖的商品包括所有的宝可梦（除传说的宝可梦）与任何可交易的道具、时装，玩家可以使用游戏币自由购买或出售宝可梦和道具。交易行设有手续费，按照玩家出售单价高低，手续费有100至25000不等；而交易频道没有限制，玩家经常在交易频道“逃税”出售商品。

《PokeMMO》内为每个角色设置了250个好友位，添加好友的请求需要在被邀请人空闲时才能发送，玩家可以在设置里勾选不接受好友请求。同时还设置了250个黑名单位置，当有人出言不逊，或自己被他人影响到了游戏体验时，请善用拉黑功能。

PvP模式分为匹配赛与排位赛。匹配赛的胜负没有奖励与惩罚，排位赛获胜可以获得排位分、大量BP和胜点，战败会扣除排位分并获得少量BP。排位赛三个月为一个赛季，每14天换一轮胜点奖励，每个赛季有一个10000胜点的终极奖励，赛季末排名前百的玩家会被允许参与赛季专属锦标赛，获胜的玩家可获得赛季专属皇冠。

《PokeMMO》的聊天系统分为5个频道，聊天类型分为正常、大喊、全服、频道、公会、组队。频道聊天范围为与你在同一频道的玩家，全服频道则是游戏内所有玩家。玩家可以在「社区 - 频道」里自由选择1~5频道。一般来说，可以直接在频道聊天里提出你对游戏的疑问，经常会有热心的玩家回答你。另外在聊天频道不可发布交易信息，违规或将受到管理员的惩罚，交易信息应该发布在交易专用频道。

《PokeMMO》有非常丰富的服装道具，分为常驻RP时装、限定RP时装、季节RP时装、金币时装，玩家可以自由搭配，将角色装扮成自己喜欢的模样。官方会在一些节日推出新服装，伴随着季节性服装返场，在礼物商城出售。每次新服装为限时出售类的，为以后绝版服装，仅此一次售卖，不会参与返场。

《PokeMMO》的孵蛋方式与正作略有不同，正作亲代孵蛋会一直产蛋且健在，而本游戏为了保证5v宝可梦的市场价值，孵蛋会导致父母双亡，且只出一个蛋。玩家可以通过不断的锁定性别，遗传个体值来孵出5v、6v的宝可梦，并通过携带不变石孵蛋遗传性格。孵蛋需要玩家自己多尝试，熟能生巧。

《PokeMMO》为玩家在游戏内提供一个内部交流学习的平台，与一群志同道合的朋友组建公会并发展起来。创建一个公会只需要15000金币，没有其他费用。玩家无法擅自加入其他公会，只能通过公会内有权限的人的邀请，才可以加入公会。

《PokeMMO》每年有三场大型的活动盛典，分别在万圣节、圣诞节和春节。大型活动的内容各有不同，主体上是打副本赢奖励，也有玩家选择追活动专有的明雷质子，或是打活动NPC获得活动道具出售。每次的大型活动都是玩家赚钱的绝好机会，在活动期间，只要愿意肝，都可以赚大钱。

《PokeMMO》内仅有4只传说的宝可梦可被玩家在野外抓捕，分别是华蓝洞窟-超梦、天空之柱-烈空坐、枪之柱-阿尔宙斯、雪花湿地-凯路迪欧。玩家可以首位放置100级宝可梦，使用除虫喷雾类道具，即可在特定地点较快的遭遇传说的宝可梦。玩家捕捉到传说的宝可梦时，系统会放出全服公告，暴露玩家的位置，且传说的宝可梦会被强制跟随玩家，玩家无法使用飞翔、瞬间移动等招式。持有传说的宝可梦的玩家被挑战时，无法拒绝，会使用当前携带队伍进行3v3对决，胜者获得传说的宝可梦的拥有权。每名玩家最多持有传说的宝可梦2小时，时间到后，传说的宝可梦自动放生；玩家下线也会导致传说的宝可梦自动放生。

《PokeMMO》中，玩家可以自己制作主题来修改界面，包括登录背景、弹窗样式、窗口背景板等；也可以自己制作MOD来修改贴图，包括宝可梦正面反面贴图、宝可梦跟随贴图、异色宝可梦醒目贴图等。修改主题界面的文件放在路径为PokeMMO/data/themes的文件夹下，MOD贴图文件放在路径为PokeMMO/data/mods的文件夹下。